体育部成立于2004年5月,(由南京海运学校和南京航运学校体育教研室组成)。现设有部党政办公室、航海体育教研室、公共体育教研室、场馆中心、课外锻炼指导中心、大学生体质健康监控中心和体育科学研究所等教学、科研、管理机构。体育部现有教职员工22人,专任体育教师19人,其中具有有研究生学历3人,教授1人,副教授6人,中级职称7人,助讲5人,国家一级教练员2人、国家级裁判员1人,国家一级裁判员4人,运动健将2人。是一支以年青教师为主体的师资队伍。体育部的教师来自上海体育大学、武汉体育学院、南京体育学院、沈阳体育学院、南京师范大学、西南师范大学。多元的文化氛围和不同的视角,是体育部发展、创新的基础。体育部开设大学体育课程、大学航海体育课程。教师的知识、技能项目结构合理,能够满足田径、武术、体操、篮球、足球、排球、游泳、健美操、跆拳道、体育舞蹈、跳水、健美、太极拳、乒乓球、羽毛球、瑜伽等课程的体育教学、课余运动训练、体育竞赛的裁判与组织。近年来,我部在体育科研中取得了一定的成绩,主编国家规划教材、高职高专体育通用教材,大学航海体育教材多部,完成了多项院级、省级和国家级课题的研究、在体育类权威核心期刊发表专业论文10多篇、省级以上期刊近百篇。我部教师在全省论文报告会获得一等奖2项、2等奖、3等奖20多项。我院的篮球、跆拳道、足球、田径等运动队在南京市、江苏省、全国比赛中多次名列前茅,多次获得体育道德风尚奖,为学院争得了荣誉。2010年,我院体育课程通过江苏省教育厅普通高校公共体育课程考核,获得优秀等级。我院体育工作跨入江苏省高校体育先进单位行列。目前体育部正在以一流的的航海院校应有一流的学校体育为指导思想,以求真、敬业、和谐、创新的精神,加强学院体育工作内涵建设,为建设具有航海特色一流的学校体育工作而努力。