机电工程系于1998年9月成立,是学院最早建设的两个品牌系部之一;下设机电一体化技术(1998年建立,省级特色专业、国家示范院校中央财政支持的重点专业)、机电设备维修与管理(2004年建立)、汽车运用技术(2004年建立,省级特色专业)和医疗器械制造与维护(2009年建立)四个专业;形成了以机电一体化技术专业为核心,机电设备维修与管理专业、医疗器械制造与维护专业为支撑、汽车运用技术专业为外延的专业群。目前在校生近1000人,教师30人;其中专任教师27人,高级职称比例41%,研究生或工程硕士比例63%,具有企业工作背景比例63%,海外培训比例90%;拥有满足教学、科研的各类仪器和生产性设备1250余万元。系部与博世汽车部件(苏州)有限公司、BOSCHREXROTH(中国)有限公司、FESTO(中国)有限公司、三星液晶(苏州)有限公司、碧迪医疗器械(苏州)有限公司、伟肯电气传动技术(苏州)有限公司、亚德客国际集团等多家著名跨国企业密切合作,实现“学院+企业”的双主体人才培养模式;采用项目制教学,毕业生供不应求;至今,已经为社会培养了3000余名高素质技能型人才,多数毕业生在企业成为技术骨干,约三分之一从事主管及以上技术、管理工作;为企业和同行培训人才累计5000多人次。内涵建设(质量工程)也取得了较好成绩:拥有2门国家精品课程,1门省级精品课程,1名省级名师,2个省级特色专业,1个省级优秀教学团队,1项省级教育教学成果奖,1个省级工程研发中心,1个行业省级培训中心,1个市级高技能人才培养基地。