基础医学部成立于2000年,是学校师资、教学、科研和学科建设的主要支撑点,承担着全校本科、专科及成人教育等医学专业基础学科的教学任务。基础医学部现有教职工50人,其中教授9人,副教授5人,副主任医师1人,高级实验师2人,博士1人,硕士28人,硕士生导师1人。湖南省优秀教师2人,湖南省普通高校教学奉献奖1人,湖南省普通高校青年骨干教师3人,湖南省普通高校青年教师教学能手4人。湖南省普通高等学校实践教学管理工作先进个人1人,湖南省普通高校优秀实验教师1人,怀化市优秀教师4人,怀化市十大杰出青年1人,怀化市优秀专业技术人员1人,怀化市优秀专业技术能手1人,基础医学部还聘请了19位全国著名医学院的知名教授、博士生导师为客座教授。基础医学部下设人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、病理学与病理生理学、医学遗传学5个教研室以及人体形态与医学机能2个实验中心。现有省级教学团队1个,省级优秀教研室2个,国家级精品课程1门,省级精品课程2门,校级优质课程1门,省级示范性实验室1个,省级合格实验室1个。近五年来,基础医学部教师承担省级教科研立项课题15项,市级5项,校级22项,参与国家自然科学基金项目2项。获国家“自然科学”成果二等奖1项,国家科技进步奖一等奖1项,国家发明专利2项,湖南省教学成果一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项,怀化市科技进步二等奖1项、三等奖2项,怀化市社会科学成果一等奖1项;发表教科研论文170余篇;主编、副主编、参编出版教材、教参35部;主编出版专著3部。本系部目前有40个教学与科研用实验室,仪器设备总值800多万元,实验室面积5000多平方米。具有最先进的全数字(网络版)显微形态数码互动实验室和多媒体显微形态实验室;装备了BL-420生物机能实验系统的现代化人体机能实验室。医学形态学实验中心的人体解剖学实验室平台有特色,其中500平方米的人体科学馆,2010年被确定为湖南省青少年科技教育基地,2012年被确定为全国科普教育基地。人体解剖学技术在全国处于领先地位,先后获得由中国解剖学会组织的全国医药高校人体标本研制比赛一等奖4项,三等奖3项,我部先后主持举办了四届全国解剖技术学习班,接受其他兄弟学校来校进修20人次。