水利工程系是学校办学历史最悠久的院系之一。现有5个专业,形成了以水利水电建筑工程为龙头的面向涉水近海的水利类专业群。其中水利水电建筑工程专业是教育部教学改革试点专业、浙江省重点专业和浙江省优势专业,水利水电建筑工程专业和水利工程专业被水利部列为全国水利高等职业教育示范专业。水利工程系按水利大类招生,实施个性发展、自选课程、立足岗位、专业动态的教学方案;秉承理实融合、实践育人理念,通过“真题真做”实现理论知识与专业技能共提高。学生完成专业群平台课程学习后,可根据自身兴趣和能力选择水利类专业群中的一个专业作为主修专业,学有余力的还可选修一个辅修专业。水利工程系拥有水利工程安全监测实训室、水利仿真模拟实验室、防汛抗旱指挥系统实训室等教学科研设施,设有浙江省钱塘江管理局勘测设计院水专分院和水利工程技术应用研究所。近年来师生承担了众多的国家级、省级专题科研和省自然科学基金项目等各级各类研究课题,积累了数千项实际工程项目经验,为行业、为地方、为新农村建设等作出了重大的贡献。水利工程系培养的毕业生遍布全省水利行业,许多毕业生已成为水行政主管部门或企业的领导和业务骨干。

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